宫颈妊娠首先应与一般流产相鉴别。一般流产时宫体往往增大，而宫颈并不增大;宫颈妊娠时宫体增大不明显，而宫颈却不成比例的增大，常等于或大于宫体。难免流产及晚期流产是宫颈内口及外口均扩张;宫颈妊娠时，宫颈外口稍扩张，内口紧闭。一般宫内妊娠流产时，胎盘组织附着在子宫壁，位于内口之上;宫颈妊娠时，胎盘则附着在内口水平以下。另外，宫颈妊娠还须与宫颈肌瘤，子宫黏膜下肌瘤及宫颈癌等相鉴别。
超声检查如果发现了宫颈处的妊娠囊，则需要鉴别是宫颈妊娠还是宫腔内妊娠流产而掉落于宫颈口的胎囊。鉴别诊断可依据以下几点：
(1)彩色多普勒超声可显示异位种植部位的血液供应情况，无血流者为脱落的妊娠囊;
(2)宫颈妊娠的妊娠囊在宫颈口处为典型的圆形或椭圆形，且经常为定位于宫颈管内的偏心圆。流产的妊娠囊常是皱缩、钝锯齿状的，无胎心搏动，并于几天后减小或消失。阴道超声可以更清楚且更早期地帮助诊断。